Свою назву, з декількох джерел, долина отримала завдяки кільком чинникам. Насамперед Байдарська називається від розташованого в цьому районі селища Орлине, який колись називався Байдари. Крім того назва може походити і від тюркського «Байтар», яким називали лікувальну траву, за допомогою якої зцілювали тварин. І донині Байдарська долина славиться своїми лікувальними травами.