Своё название, из нескольких источников, долина получила благодаря нескольким факторам. Прежде всего Байдарская называется от расположенного в этом районе поселка Орлиное, который некогда назывался Байдары. Кроме того название может походить и от тюркского «Байтар», которым называли лечебную траву, с помощью которой исцеляли животных. И по сей день Байдарская долина славится своими лечебными травами.